いろいろな説がありますね。
実は知らないことばかりでした…。
もとの名称が『日本紀』だったとする説と、初めから『日本書紀』だったとする説がある。
『日本紀』とする説は、『続日本紀』の上記記事に「書」の文字がないことを重視する。中国では紀伝体の史書を「書」（『漢書』『後漢書』など）と呼び、帝王の治世を編年体にしたものを「紀」（『漢紀』『後漢紀』）と呼んでいた。この用法に倣ったとすれば、『日本書紀』は「紀」にあたるものなので、『日本紀』と名づけられたと推測できる。『日本書紀』に続いて編纂された『続日本紀』『日本後紀』『続日本後紀』がいずれも書名に「書」の文字を持たないこともこの説を支持していると言われる。この場合、「書」の字は後世に挿入されたことになる。
『日本書紀』とする説は、古写本と奈良時代・平安時代初期のような近い時代の史料がみな『日本書紀』と記していることを重視する。例えば、『弘仁私記』序、『釈日本紀』引用の「延喜講記」など。『書紀』が参考にした中国史書は、『漢書』『後漢書』のように全体を「書」としその一部に「紀」を持つ体裁をとる。そこでこの説の論者は、現存する『書紀』は、中国の史書にあてはめると『日本書』の「紀」にあたるものとして、『日本書紀』と名づけられたと推測する。
原資料
6世紀の中頃欽明天皇の時代に言い伝えを元にして日本の歴史をまとめた『帝紀』・『旧辞』、諸氏の伝承などを取り入れているとされる。なお、620年（推古28）に聖徳太子や蘇我馬子によって編纂されたとされる『天皇記』・『国記』の方がより旧い史書であるが、645年（皇極4）の乙巳（いつし）の変とともに焼失した。この後を受けて、歴史書が編纂されている。
なお、『日本書紀』本文中に書名をあげて引用されている文献として次のようなものがあるが、いずれも現存していない。
引用『ウィキペディア（Wikipedia）』
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